Natriumhypokloriitin desinfiointiperiaate sisältää pääasiassa kolme näkökohtaa:
Hypokloorihappoa muodostuu hydrolyysin kautta, ja hypokloorihappo hajoaa edelleen muodostaen uutta ekologista happea. Uuden ekologisen hapen voimakas hapettava ominaisuus denaturoi aineita, kuten proteiineja bakteereissa ja viruksissa, tappaen siten patogeeniset mikro-organismit.
Hypokloorihappo voi tunkeutua bakteereihin (viruksiin) ja reagoida orgaanisten polymeerien, kuten bakteerien (virus) proteiinien, nukleiinihappojen ja entsyymien kanssa, tappaen siten patogeenisia mikro-organismeja.
Hypokloorihapon tuottamat kloridi-ionit voivat muuttaa merkittävästi bakteerien ja virusten osmoottista painetta, jolloin niiden solut menettävät toimintaansa ja kuolevat.