On tärkeää puhdistaa uima-altaan FilterBalls säännöllisesti, jotta ne eivät tukkeutuisi ja eivät toimi. Riippuen altaasi koosta ja sen käyttömäärästä, saatat joutua puhdistamaan FilterBalls niin usein kuin kerran viikossa tai vain kerran kuukaudessa. Puhdistaaksesi FilterBalls, irrota ne suodattimesta ja huuhtele ne letkulla.
Voit myös liottaa niitä ämpäriin saippuavedessä perusteellisempaa puhdistusta varten. Huuhtele saippua kokonaan ennen kuin laitat pallot takaisin suodattimeen.