Uima-altaan puhtauden ylläpitäminen on ratkaisevan tärkeää tautien leviämisen estämiseksi, onnettomuuksien välttämiseksi ja infektioiden ehkäisemiseksi. Uima-altaan perusteellinen siivous on suositeltavaa suorittaa vähintään kerran viikossa, varsinkin tiheän käytön aikana. Säännöllinen puhdistus sisältää suodatinpallojen pesun lisäksi myös veden laadun tarkistamisen, altaan seinien ja lattian sekä muiden laitteiden, kuten pumppujen ja suodatusjärjestelmien, puhdistamisen.