Haitallisten aineiden lisäksi jätevesissä on lukemattomia bakteereja ja viruksia. Siksi klooridesinfiointia käytetään laajalti bakteerien ja virusten tappamiseen vedessä vesijohtoveden ja jätevedenpuhdistamoiden jätevesivaiheessa.
Teollisuuden kiertävän jäähdytysveden käsittelyssä klooria käytetään myös levän sterilointiin ja poistoon. Jäähdytysveden kiertoprosessissa osan vedestä haihtumisen vuoksi vedessä olevat ravinteet keskittyvät ja bakteerit ja muut mikro-organismit lisääntyvät suuria määriä ja muodostavat helposti limalikaa. Liian paljon limalikaa johtaa putkien tukkeutumiseen ja korroosioon.
Klooraus sisältää tavallisesti kloorin ruiskuttamisen veteen bakteerien ja muiden mikro-organismien tappamiseksi, yleensä pullotettua klooria.
Bakteereja tappavan vaikutuksen säilyttämiseksi jäännösklooria tulee aina pitää {{0}},5 ~ 1mg/L poistetussa vedessä ja vesijohtoverkon päässä 0 0,05 - 0,1 mg/l.